Le site Natura 2000 Grosne Clunisois possède une diversité faunistique exceptionnelle illustrée par la présence de 20 espèces d'Intérêt Communautaire, entre autres espèces d'importance :
- Sonneur à ventre jaune : le périmètre du site a notamment été défini en tenant compte des exigences écologiques de cette espèce emblématique. 30 % des données d’observation et 15 % des stations où cet amphibien est actuellement connu en Bourgogne proviennent du territoire Grosne Clunisois. Le bocage et les forêts présentent en effet un maillage dense de sites favorables à la reproduction de ce crapaud, ainsi que des habitats favorables à ses phases de vie hivernales ou estivales.
- Écrevisse à pattes blanches : cette espèce se fait de plus en plus rare en France du fait de la destruction et de la dégradation des milieux naturels qui l'accueillent, ainsi que de la forte pression concurrentielle qu'exercent les espèces d'écrevisses nord américaines introduites dans les ruisseaux et rivières d'Europe. L'écrevisse à pattes blanches est une espèce bioindicatrice de la qualité des milieux et s'avère être elle aussi l'une des espèces emblématiques du site Grosne-Clunisois, à l'origine de sa création.
- 6 chauves-souris : Grand murin, Grand rhinolophe, Petit rhinolophe, Vespertilion à oreilles échancrées, Barbastelle d’Europe, Vespertilion de Bechstein
- 5 poissons : Lamproie de Planer, Chabot, Loche de rivière, Blageon, Bouvière
- 3 papillons : Cuivré des marais, Damier de la succise, Ecaille chinée
- 2 odonates : Agrion de Mercure et Agrion orné
- 1 mammifère semi-aquatique : Loutre d'Europe
- 1 amphibien (en plus du Sonneur à ventre jaune) : Triton crêté
- 1 coléoptère : Lucane cerf-volant
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