Le site Natura 2000 Grosne-Clunisois possède une grande diversité floristique de par ses divers habitats naturels qui font toute son unicité.
Les espèces végétales d'importance du site répertoriées par le Museum National d'Histoire Naturelle couvrent des milieux variés, des landes calcaires sèches aux zones humides, en passant par les prairies bocagères et la forêt. Citons par exemple :
- La Bombycilène dressée, aussi connue sous le nom de Cotonnière dressée, est une plante de la famille des astéracées que l'on trouve sur les côteaux calcaires et les pelouses sèches de l'est du site.
- L'Orchis incarnat est l'une des orchidées présentes sur le site. On la trouve dans les zones humides des prairies non amendées.
- La Bruyère cendrée, plante emblématiques des landes et forêts acides d'une partie sud-ouest du site. C'est une espèce qui fait partie de la grande famille des Éricacées, au même titre que la Myrtille, que l'on trouve aussi dans la même zone.
- La Prénanthe pourpre est une espèce de la famille des astéracées que l'on trouve dans les milieux ombragés et humides comme les lisières, les clairières, les sous-bois et les bords des petits cours d'eau.
